Notre mission est définie dans les termes suivants : « Favoriser une offre alimentaire de qualité et appuyer le développement d'un secteur bioalimentaire prospère et durable contribuant à la vitalité des territoires et à la santé de la population. »

Au Québec, la responsabilité du secteur bioalimentaire est confiée au MAPAQ. Ce secteur couvre l’ensemble des activités liées à l’agriculture, aux pêches et à l’aquaculture commerciales, à la transformation et aux commerces de l’alimentation. Les services alimentaires destinés au réseau de l’hôtellerie, de la restauration et des marchés institutionnels privé et public font aussi partie de ce secteur.

Le Ministère a également pour responsabilité d’exercer une surveillance de toute la chaîne alimentaire aux fins de la protection de la santé publique de même que de l’amélioration de la santé et du bien-être des animaux.