Notre mission est définie dans les termes suivants : « Favoriser une offre alimentaire de qualité et appuyer le développement d'un secteur bioalimentaire prospère et durable contribuant à la vitalité des territoires et à la santé de la population. »

Le MAPAQ est à la fois un chef de file et un partenaire. Il participe à la prospérité et à la diversité de l'industrie bioalimentaire québécoise. Il est responsable d'exercer une surveillance de toute la chaîne alimentaire aux fins de la protection de la santé publique de même qu'à l’amélioration de la santé et du bien-être des animaux. De plus, il est impliqué dans la formation collégiale spécialisée en agriculture et en agroalimentaire.