Pour réaliser sa mission, le Ministère compte sur deux partenaires privilégiés : le Bureau d’audiences publiques sur l’environnement (BAPE), qui réalise des mandats d’enquête et de consultation, et la Société québécoise de récupération et de recyclage (RECYC-QUÉBEC), qui promeut la mise en valeur des matières résiduelles.

Le Bureau d'audiences publiques sur l'environnement (BAPE Cet hyperlien s'ouvrira dans une nouvelle fenêtre.) est un organisme public consultatif ayant pour mission d'informer et de consulter la population sur des questions relatives à l'environnement que lui adresse le ministre de l'Environnement, de la Lutte contre les changements climatiques, de la Faune et des Parcs afin d'éclairer la prise de décision gouvernementale dans une perspective de développement durable. À cette fin, il mène des périodes d'information et de consultation publiques, des enquêtes et des audiences publiques ainsi que des médiations en environnement. Il transmet au ministre des rapports contenant ses constatations et son analyse.

La Fondation de la faune du Québec Cet hyperlien s'ouvrira dans une nouvelle fenêtre. promeut la conservation et la mise en valeur de la faune et de son habitat. Elle consacre son énergie, sa créativité et sa passion à assurer la conservation de la biodiversité du Québec.

La Société québécoise de récupération et de recyclage (RECYC-QUÉBEC Cet hyperlien s'ouvrira dans une nouvelle fenêtre.) est une société d''État qui a comme mission de promouvoir, de développer et de favoriser la réduction, le réemploi, la récupération et le recyclage de contenants, d'emballages, de matières ou de produits ainsi que leur valorisation dans une perspective de conservation des ressources.

La Loi sur la qualité de l’environnement et l'application des obligations en matière environnementale souscrites par le Québec dans la Convention de la Baie-James et du Nord québécois et qui ont été incorporées au chapitre II de la Loi sont également sous la responsabilité du ministre. 

En application de la Convention et de la loi, cinq organismes sont constitués :

  • le Comité consultatif pour l'environnement de la Baie-James (CCEBJ) Cet hyperlien s'ouvrira dans une nouvelle fenêtre., qui doit être consulté pour tout projet d’élaboration de lois, règlements et politiques concernant la protection de l’environnement et le milieu social touchant le territoire régi par la Convention de la Baie-James et du Nord québécois et situé au sud du 55e parallèle;
  • le Comité d’évaluation (COMEV) Cet hyperlien s'ouvrira dans une nouvelle fenêtre. chargé de l’évaluation préliminaire des projets de développement situés au sud du 55e parallèle qui sont soumis à la procédure d’évaluation et d’examen des impacts sur l’environnement et le milieu social;
  • le Comité d’examen (COMEX) Cet hyperlien s'ouvrira dans une nouvelle fenêtre. chargé de l’examen des projets de développement situés au sud du 55e parallèle qui sont soumis à la procédure d’évaluation et d’examen des impacts sur l’environnement et le milieu social;
  • le Comité consultatif de l'environnement Kativik (CCEK) Cet hyperlien s'ouvrira dans une nouvelle fenêtre., qui doit être consulté pour tout projet d’élaboration de lois, règlements et politiques concernant la protection de l’environnement et du milieu social touchant le territoire régi par la Convention de la Baie-James et du Nord québécois et situé au nord du 55e parallèle;
  • la Commission de la qualité sur l’environnement Kativik (CQEK) Cet hyperlien s'ouvrira dans une nouvelle fenêtre., qui est chargée de l’évaluation préliminaire et de l’examen des projets de développement situés au nord du 55e parallèle qui sont soumis à la procédure d’évaluation et d’examen des impacts sur l’environnement et le milieu social.

Le Comité consultatif sur les changements climatiques est un organisme permanent indépendant créé en vertu de la Loi visant principalement la gouvernance efficace de la lutte contre les changements climatiques et à favoriser l’électrification. Il a pour mission de conseiller le ministre de l'Environnement, de la Lutte contre les changements climatiques, de la Faune et des Parcs, à la demande de ce dernier ou de sa propre initiative, sur les orientations, les programmes, les politiques et les stratégies en matière de lutte contre les changements climatiques.

La Table nationale de la faune a pour mission de conseiller le ministre sur toute question qu’il lui soumet concernant la conservation et la mise en valeur de la faune. Elle guide le ministre particulièrement sur des sujets liés aux domaines du développement, de la promotion et de la relève en matière de chasse, de pêche et de piégeage.

Les tables régionales de la faune conseillent les représentants désignés par le ministre au niveau régional sur toute question soumise par celui-ci.

La Table nationale de la faune et les tables régionales de la faune sont composées par le ministre.