Le premier pas pour venir en aide aux espèces en danger, comme les salamandres de ruisseaux, est de savoir où elles se trouvent. Un projet de recherche a permis de confirmer le potentiel de la méthode d’échantillonnage par l’ADN environnemental pour détecter ces salamandres sans même les voir.

Biologiste accroupie dans un ruisseau à la recherche de salamandres de ruisseaux.
Recherche de salamandres de ruisseaux de manière traditionnelle. © MFFP

Traditionnellement, la méthode utilisée pour trouver des salamandres de ruisseaux consiste à se rendre dans un habitat leur étant propice et à les rechercher en soulevant les roches ou en fouillant les autres abris sur le site. Or, si cette méthode s’avère utile, elle demeure coûteuse et requiert beaucoup de temps.

Pour optimiser les techniques d’inventaire, de nouvelles méthodes sont actuellement à l’étude. Parmi celles-ci on trouve la méthode d’échantillonnage par l’ADN environnemental, (ADNe) dont le potentiel de détection des espèces à grande échelle vient d’être étudié et confirmé par un projet de recherche. Cette technique novatrice consiste à prélever de l’ADN d’organismes à partir d’échantillons environnementaux tels que l’eau ou le sol. De cette manière, les espèces peuvent être détectées sans qu’il soit nécessaire de les observer directement.

Projet de recherche et échantillonnage

L’étude portait sur la détection de trois espèces : 

  • la salamandre pourpre;
  • la salamandre sombre du Nord;
  • la salamandre à deux lignes. 

La méthode traditionnelle d’inventaire a été comparée à celle de l’échantillonnage par l’ADNe dans 24 ruisseaux de montagne des Appalaches au Québec. L’objectif était d’évaluer la capacité à détecter les espèces ainsi qu’à  fournir un indice relatif de la taille des populations à l’aide de l’ADNe. 

L’échantillonnage par l’ADNe a permis de détecter les espèces dans chaque cours d'eau où leur présence a été confirmée avec la méthode traditionnelle d’inventaire. De plus, de l’ADN de salamandre a été détecté dans neuf cours d'eau où aucune espèce cible n'avait pu être observée avec la méthode traditionnelle. 

Visionnez cette vidéo sur la salamandre pourpre pour en savoir plus. 

Capsule vidéo sur la salamandre pourpre. © Les Films EP.

Une combinaison gagnante des deux méthodes

La méthode d’échantillonnage par l’ADNe ne semble toutefois pas permettre une association claire entre la quantité d’ADN récoltée et le nombre de salamandres observées dans une section de ruisseau étudié. Ainsi, il est pertinent de combiner les deux méthodes pour assurer un suivi efficace des salamandres de ruisseaux. 

La méthode ayant recours à l’ADNe est prometteuse pour permettre une détection à large échelle des espèces (par exemple, à l’échelle des sous-bassins versants), alors que la méthode traditionnelle demeure adéquate pour confirmer la présence et estimer l’abondance des populations dans certaines sections de ruisseaux.

Cette étude a été réalisée par le ministère des Forêts, de la Faune et des Parcs et l’Université Laval dans le cadre de la mesure budgétaire sur la protection des espèces menacées 2018-2021.

Nous vous invitons à lire l’article publié dans la revue scientifique Environmental DNA sur ce projet (en anglais seulement) : Environmental DNA as a detection and quantitative tool for stream‐dwelling salamanders: A comparison with the traditional active search method - Plante - - Environmental DNA - Wiley Online Library Cet hyperlien s'ouvrira dans une nouvelle fenêtre.

Dernière mise à jour : 14 décembre 2021