La mission du MAPAQ est définie dans les termes suivants : « Favoriser la prospérité du secteur bioalimentaire et veiller à la qualité des aliments dans une perspective de développement durable. »

Le MAPAQ est à la fois un chef de file et un partenaire. Il participe à la prospérité et à la diversité de l'industrie bioalimentaire québécoise. Il est responsable d’exercer une surveillance de toute la chaîne alimentaire aux fins de la protection de la santé publique de même qu’à l’amélioration de la santé et du bien-être des animaux.

Développement de la main d'oeuvre

Le MAPAQ est impliqué dans la formation collégiale et professionnelle en agriculture et en agroalimentaire. L’Institut de technologie agroalimentaire Cet hyperlien s'ouvrira dans une nouvelle fenêtre., un établissement d’enseignement collégial sous la responsabilité du MAPAQ, offre divers programmes d’études techniques dans ses deux campus, situés à La Pocatière et à Saint-Hyacinthe.